创新中心主任由理事会任命。理事会成员包括广东省科技厅、佛山市政府、南海区政府以及企业代表。创新中心下属部门采取开放式建设，按照团队管理，并常年接受相关单位的进驻申请。经资格审核合格并确实符合创新中心功能地位和发展需要的，可与创新中心签署合作协议，成为部门的团队成员。